SpongeBob e i suoi amici di Bikini Bottom salpano per la loro più grande, nuovissima e imperdibile avventura cinematografica di sempre. Mosso dal desiderio di dimostrare a tutti, soprattutto a Mr.Krabs di avere il cuore di un vero eroe, SpongeBob si mette sulle tracce dell'Olandese Volante, un leggendario pirata fantasma. Inizia così un'avventura tra mostri, pirati e risate, che lo trascinerà nelle profondità più oscure dell'oceano... dove nessuna spugna ha mai osato mettere piede.